İstanbul Deri Serbest Bölge Gümrük Müdürlüğü 1994 İstanbul Gümrük ve Muhafaza Başmüdürlüğüne bağlı olarak kurulmuş olup, İstanbul Endüstri ve Ticaret Serbest Bölgesi İdari Binasında faaliyetlerini sürdürmektedir.
İstanbul Deri Serbest Bölge Gümrük Müdürlüğü; her türlü ithalat, ihracat, transit işlemlerinin yanında Avrupa Birliği menşeli olmayan Gümrük Tarifesinin 41 faslında yer alan işlenmiş deri ve 42 fasılda yer alan deriden mamul bazı eşya ile 64 fasılda yer alan eşyanın ithalat işlemlerini yapmaya yetkili 1. Sınıf gümrük idaresidir. İstanbul Deri ve Endüstri Serbest Bölgesinde mukim firmaların yurt dışından getirip serbest bölgeye aldıkları veya Türkiye Gümrük Bölgesinden getirip serbest bölgeye aldıkları eşyanın serbest dolaşıma giriş, ihracat ve transit gibi her türlü gümrük işlemleri İstanbul Deri Serbest Bölge Gümrük Müdürlüğü tarafından gerçekleştirilmektedir.